Depuis sa création en 2019, l’IRFA est doté d’un Conseil scientifique qui lui donne ses grandes orientations et supervise les travaux et publications :
- P. Vincent SÉNÉCHAL, supérieur général de la Société des Missions Étrangères de Paris et président de l’IRFA, docteur en théologie biblique, missionnaire au Cambodge pendant onze ans.
- P. Antoine de MONJOUR, coordinateur de l’IRFA, prêtre de la Société des Missions Étrangères de Paris, missionnaire au Japon pendant 30 ans.
- M. Jean-Pierre BAT, archiviste paléographe (École nationale des chartes), agrégé et docteur en histoire, chercheur associé au CNRS et au Centre Jean-Mabillon, chargé de mission au Centre d’Analyse, de Prévision et de Stratégie (CAPS) du ministère de l’Europe et des Affaires étrangères.
- M. Éric DEROO, auteur, réalisateur, ancien chercheur associé au CNRS, spécialiste de l’histoire coloniale et militaire française.
- M. Yves GAZZO, actuellement ambassadeur de l’ordre de Malte accrédité auprès de l’Union européenne après une longue carrière d’ambassadeur, président (h) de l’Académie des sciences d’outre-mer.
- M. Bertrand GOY, diplômé de l’ESSEC, ancien cadre supérieur dans l’industrie, historien des arts primitifs.
- Mme Catherine MARIN, docteure en histoire, spécialiste de l’histoire des missions catholiques, maîtresse de conférence (h) à l’Institut catholique de Paris.
- P. Matthieu MASSON, prêtre de la Société des Missions Étrangères de Paris, en mission à Hong Kong depuis 2009, architecte spécialiste de l’histoire des églises construites en Chine.
- Mme Marie de RUGY, docteure en histoire, maîtresse de conférences en histoire contemporaine à l’université de Strasbourg, spécialiste de la période coloniale en Asie du Sud-Est.
- M. Edmond de TAILLAC, étudiant à l’Ecole normale supérieure de Paris, master d’histoire transnationale, spécialiste du commerce d’art indien.
L’équipe de l’IRFA est constituée de professionnels de la conservation et de spécialistes de l’histoire des missions :
- La direction de l’institut a été confiée depuis sa création à Marie-Alpais Dumoulin, archiviste paléographe (École nationale des chartes).
- Le pôle « archives et iconothèque » est constitué de deux archivistes, dont une spécialiste de l’informatique documentaire, et d’une iconographe.
- Le pôle « bibliothèques » rassemble la bibliothèque asiatique et la bibliothèque générale des MEP, chacune dotée d’une bibliothécaire.
- Le pôle « numérisation » est géré par une archiviste responsable des numérisations patrimoniales.
- Le pôle « objets d’art et d’histoire » fonctionne avec une chargée de collection.