Les premiers éléments du fonds remontent aux années 1640 avec les correspondances des fondateurs des MEP avant même leur envoi en Asie (1658) et l’ouverture du séminaire de Paris (1663). Tous les documents relatifs à la création des MEP, qu’il s’agisse des échanges avec Rome, des actes de fondation à Paris ou des rapports de voyage des premiers missionnaires, ont été précieusement conservés jusqu’à aujourd’hui.

Du XVII^e au XX^e siècle, la nature des documents rassemblés aux archives MEP à Paris varie peu : rapports adressés par les missionnaires à leurs évêques sur place, aux responsables du séminaire de Paris et au Saint-Siège ; courrier des missionnaires à leurs familles et à leurs confrères ; documents administratifs et comptables émanant des procures, en particulier de celles de Paris, de Rome, de Macao/Hong Kong ; compte-rendu des réunions des organes décisionnaires ; archives des institutions relevant des MEP, comme les séminaires, les paroisses etc. On y trouve en particulier une foisonnante collection de documents produits directement sur le terrain, en Asie : manuscrits et tapuscrits de travaux linguistiques ; carnets de type ethnographique ; diaires et journaux ; documents en langue asiatique relatifs à la liturgie, aux enseignements catéchétiques, aux constructions de bâtiments et à la vie quotidienne…

En effet, le fonds ne contient pas exclusivement des documents produits ou reçus à Paris : y a aussi été versée peu à peu une grande partie des archives produites en Asie, par l’intermédiaire de campagnes de collecte. En 1877, le Séminaire de Paris rapatrie par exemple les archives de la procure générale de Hongkong. Vingt ans plus tard, c’est au tour du Père archiviste Adrien Launay d’aller collecter les archives des vicariats MEP d’Inde et de Chine, au cours d’un voyage en Asie. Plusieurs autres fonds de missions ont été rapatriés au XX^e siècle et continuent à l’être.

En consultant ces documents, écrits sur papiers européens ou de production locale, il faut parfois se représenter leur contexte de production et les difficultés matérielles auxquelles étaient soumis leurs scripteurs : « Le grand souci des missionnaires, surtout durant les deux premiers siècles, est d’assurer le recrutement et de transporter les gens, les fonds et les correspondances, à une époque où  l’aller-retour d’un courrier entre l’Indochine et la France prenait entre 3 et 4 ans au XVII^e siècle, un peu moins au siècle suivant grâce à la présence à Canton de la Compagnie française des Indes » (F. Mantienne).